守护神殿作为元气骑士的一种衍生玩法，将塔防和冒险结合到了一块，我们需要在保卫魔法石的同时，探险周围，搜寻武器，直至击败最后的boss。由于是衍生玩法，所以在这个模式下，我们能见到许多普通关卡中没有的特殊敌人。
异能发射器在每个地图的小房间当中都会生成，有着极高的生命值，但它并不会攻击，只会源源不断的召唤小怪，将其消灭之后可以获得大量的星币，同时在此区域也不会产生新的怪物。守护神殿当中一共有着五个异能发射器，越到后面，异能发射器的生命值就越高，我们最好按照森林，学原，火山的冒险顺序逐渐推进，否则战斗起来并不容易。
腐化镭射幽浮是镭射幽浮的变种，也是守护神殿当中的专属boss，有着高达六万的生命值，弹幕的伤害高达24点，要是在平时的模式当中，就是一个相当棘手的敌人，但好在守护神殿，我们也可以慢慢发育，所以后期战斗起来算不上很难。在守护神殿剧情开始的时候，我们还会见到一个特殊的自爆机器人，它也属于特殊敌人，但其有着无限的生命值和免疫地形的特殊能力，所以我们无法将其提前击杀，只能等待其爆炸。
在地图的最下面，我们还可以找到一个隐藏的关卡boss，神秘人，将其战胜之后可以获得隐藏成就，并获得角色气宗。魔化气宗的伤害很高，不过都是近战，只要与其保持距离，就可以很轻松高的将其战胜。虽然这些敌人在平时的地牢当中都没有见过，但它们也算不上多么的棘手，只要我们利用好收集而来的资源，就可以一步步提升自己的属性，最后战胜这些强敌。
