飞船升级主要通过装备强化、科技研发、技能学习三个核心途径实现。进入游戏界面后点击左下角飞船图标，选择目标飞船进入详情界面，可查看装备、科技、学习三个模块的升级选项。装备升级需消耗神秘矿石作为燃料，矿石可通过挖矿或玩家交易获取；科技研发依赖科研点数，通过完成任务或参与活动积累；技能学习则需消耗飞船经验点，通过日常探索和战斗积累。每次升级会消耗飞船能量，需及时补充燃料矿石以维持升级进程。
升级装备时需注意不同飞船有特定装备适配性，优先选择与飞船定位匹配的组件。辅助能源核心可提升功率上限，R2级组件能增加8.4%功率；防御类装备如护盾增强器需配合电容扩容，确保每秒护盾恢复量不低于45单位。武器系统建议遵循单类型专精原则，初期聚焦粒子炮等中程武器，中期可转向电磁脉冲炮等特殊效果武器。动力系统优先升级曲速引擎至LV.3缩短跃迁冷却，再强化推进器至LV.5提升航速30%。
科技研发需合理规划科研树投资顺序。基础物理学应优先研发至LV.5解锁护盾频率调制技术，降低能量武器伤害12%；中期转向军事工程学，重点开发弹道校准系统延长火炮射程15%。电子工程领域的舰船核心-系统反应堆升级能全局提升功率上限，科研材料可通过攻击高波数护卫或完成虫洞侦查任务获取。科研过程中需平衡资源分配，建议每日获取的量子晶体50%用于武器升级，30%投入动力系统，20%留作应急储备。
技能学习需结合指挥官属性加点策略。武器掌控属性提升所有武器伤害并解锁高级武器技能，防御操作属性增强护盾上限及防御技能。电子工程属性影响能量上限与工程技能，飞船驾驶属性提高速度上限及航行技能。属性加点可通过神经突触重调器重置，技能升级需满足指挥官等级和属性点要求后消耗信用点完成。建议优先提升主武器伤害和护盾最大值，后期再根据战斗风格调整能量控制或机动性相关技能。
