神秘树是一种特别的树，无法通过自然生长长出神秘树，只能通过种植神秘树种来长出神秘树，神秘树种的获取方式是解锁采集精通。需要玩家先把所有技能都升级到十级满级，之后就会自动解锁精通等级，在精通等级提升一级时就会得到一次选择精通技能的机会，此时前往煤矿森林南边的精通山洞选择采集精通即可。在选择采集精通后，会获得神秘树种的配方。
配方的材料是分别五个普通的树种，橡子、松果、枫树种子和桃花心木种子，能制作出一个神秘树种。神秘树种种植在地上后，和其他大树的生长都是一样的，只不过相较于其他的大树而言生长更慢，每次进入下一阶段的几率只有15%，除非施树肥提升概率到30%。在经过几个阶段之后，即可生长为成熟的神秘树。因为神秘树种只能通过采集精通配方获得，所以玩家砍神秘树和摇动神秘树都不会掉落神秘树种，砍伐神秘树后得到的材料是硬木。
可以在神秘树上挂树液采集器，收集到的材料是神秘糖浆，神秘糖浆可以用于售卖。不过最主要的还是用来制作宝藏图腾和蓝色草籽。宝藏图腾也是通过采集精通获得配方，制作后使用可以让角色周围一圈出现远古斑点，从而高效挖掘得到古物。而蓝色草籽配方需要在姜岛齐先生的核桃房中花费齐钻购买，制作出后可种在农场给动物吃，比绿草更耐吃。最后，神秘糖浆还可以再浣熊一家处兑换仙尘，兑换比例为一比一。
