花卉在距离间隔一格时会进行杂交在中间产出新的花卉，新花卉的颜色会根据两朵花的颜色而影响决定。基础能够种植的花卉颜色有红黄蓝，那么由基础红黄蓝花卉产出的花朵有四种，分别是红蓝杂交得到紫花，红黄杂交得到橙花，红红杂交得到粉花，以及蓝黄杂交得到绿花。由红黄蓝三种基础花卉和产出的新四种颜色的花卉，进行再次杂交的话，会得到棕色的花卉。
最后一种花卉的颜色为棕花加上任意花，得到黑色花。在了解杂交的颜色杂交后，给花卉进行杂交的时候，还需要注意一些杂交的条件，条件之一为同种花卉，条件之二为成熟状态。在进行同种成熟花卉的杂交时，最大化利用已拥有的土地面积进行杂交的话，可以布阵棋盘格子的类型，种植一朵花卉后，该花卉的上下左右四个方向隔一个来种植下一朵花卉，这样该花卉可以和上下左右多个方向的花卉进行杂交。
另外需要注意，杂交并不是一定会发生的，只是有概率发生，有可能杂交得到的花色和原来相同。玩家在进行花卉杂交时，能够利用肥料提升花卉杂交的概率，比如用到的肥料有金牌营养土。还可以用增产肥来增加花卉的产量，也就是增加了花卉杂交产出的个数，相当于是多了几次判定杂交是否成功的机会。以及如果想要缩短等待时间的话，还可以对其使用催熟肥来增加花卉杂交的效率。
