江南百景图的跨城航运按解锁州府—修复码头—配置船只—抵达收货进行，关键不是把船派出去，而是提前确认目的地仓库容量。先推进州府解锁，并完成出发地码头的修复；新手通常需要先完成驿站应天城郊相关进度，才能使用跨城船运。进入出发城市，点击左下角州府印，选择大地图，点选带有空闲标识的船只，设置已解锁的目标州府，再进入运输界面配置物资、特殊居民或其他可运输对象，确认后点击出发。船只一旦进入航行状态，就不能再次派遣，必须等它完成抵达、卸货并返航后才能重新使用。
装货应以目标城市的实际缺口为准，建议先查看目标仓库，再按剩余容量的80%至90%装船，给后续生产和临时奖励预留10%至20%的空间。前期优先运输开荒需要的粮食、木板、砖块、纸张等基础物资，单次数量不必追求上限；当目标城市生产线稳定后，再集中补充铜钱消耗较高或本地产量不足的加工材料。需要迁移居民时，应在运输配置界面一并选择，避免船到达后才发现关键生产岗位无人。码头等级较低时适合少量多次调度，只有在确认目的地仓库空间充足时才适合大批量运输；把出发城市仓库清空后整船装满，是最容易造成目标仓库爆仓的操作。
船抵达后必须手动完成收货，物资不会自动进入仓库。切换到目标城市，在码头附近的河道寻找带有完成标识的小船并点击领取；如果没有及时看到船只，可先退出大地图、切换城市，再检查码头周围水面。目标仓库对应类别空间不足时，通常只能领取能容纳的部分货物，剩余物资会继续留在船上，船只也会因此停留，无法立即返航。遇到船到了却不能继续运输的情况，先处理目标仓库中的同类物资，再回到河道点击船只完成卸货，不要反复点击出发城市的码头，也不要在仓库未腾出空间前继续发第二船。
不同发展阶段的航运重点应分别安排：刚解锁新城时，优先运输能立即推动建造和生产的短缺材料；拥有多个州府后，按特产城市生产、需求城市消耗的方式建立固定调度，例如把一个城市的富余基础材料持续送往另一个缺口较大的城市。码头升级到3级后，可获得更多船位，并开放建筑运输等进阶功能，适合中后期进行整体布局调整；当前码头还设有领航员岗位，派遣居民能够缩短航运等待时间，有合适人选时应在发船前先完成派遣。跨城船运的航行时间按城市路线固定，装货多少不会直接缩短路程，因此效率主要取决于船只是否空闲、仓库是否提前腾位，以及收货后能否马上安排下一轮运输。
