第二银河感染任务整体难度偏高，显著高于普通星系任务，且难度随星系感染度提升而递增，高感染度星系任务及后续决战属于游戏内高难内容，对舰船配置、操作技巧与团队协作均有硬性要求。
感染任务的基础难度体现在敌舰强度与战斗机制上。任务核心对抗智能病毒控制的升华者部队，敌人组合多变，包含高速无人机群、厚装甲精英战舰及病毒强化特殊单位，这类敌舰火力猛、护甲高，且具备独特攻击模式，如集群突袭、远程精准打击等，对舰船的生存能力与输出能力双重考验。任务类型涵盖清理感染舰队、摧毁病毒节点、救援受感染设施等，不同任务场景需灵活切换战术，例如摧毁病毒节点时需优先清理护卫敌舰，避免节点持续回血，任何环节失误都可能导致任务失败。
星系感染度是影响难度的核心变量，感染度分为低、中、高三个阶段，低感染度星系敌人数量少、强度低，单人用中高配突击舰或巡洋舰即可应对；中度感染度敌人数量增多、出现精英单位，单刷需搭配护盾回充器、能量回充器等续航组件，或组队分工配合；高感染度星系敌人全为精英级，且会刷新多波次增援，单人几乎无法通关，必须组建包含坦克、输出、后勤的团队，依托阵型配合与集火战术推进。
感染决战作为任务链终极环节，难度达到峰值，是游戏内最具挑战性的团队玩法之一。当星系感染度降至0%时，触发决战任务，目标为摧毁智能病毒核心仓库，仓库无反击能力，但拥有超高护盾与装甲，需多名玩家同步集火才能快速击破。决战过程中会持续刷新大量感染敌舰干扰，需部分玩家负责清怪护航，同时仓库会周期性抛出货柜，拾取资源时需警惕敌方突袭，对团队的分工协作、火力分配与应急反应能力要求极高，配合失误极易导致任务超时失败。
难度适配方面，新手玩家建议从低感染度星系入手，熟悉敌人机制与任务流程，优先提升舰船配置与组件等级；进阶玩家可挑战中度感染度任务，尝试单刷或小规模组队，优化战术搭配；高玩与团队可主攻高感染度任务与决战，获取专属涂装、高级模块宝箱等稀有奖励。感染任务难度梯度清晰，既有可供新手适应的基础难度，也有满足硬核玩家挑战的高难内容，核心难点集中在高强度敌群对抗与团队协作配合两大维度。
