水下场景的武器使用机制因作品不同而存在差异。早期作品中如古墓丽影II:西安匕首和古墓丽影3引入了鱼叉枪作为水下专属武器，该武器通过枪管、弹条架和鱼标构成，近距离能高速发射钢叉击杀水下生物。玩家需注意鱼叉枪仅在特定代数的作品中可用，且需提前在陆地装备界面选择该武器。
当劳拉潜入深水区域时，常规武器如手枪或霰弹枪无法直接使用，系统会强制切换为近战状态。若需使用远程武器，必须依赖剧情解锁的水下专用装备或通过环境互动触发特殊机制。例如在部分解谜场景中，玩家需先排空水体或激活机关才能短暂获得陆地战斗条件。
对于古墓丽影：暗影等新作，水下战斗设计更侧重潜行与解谜。玩家需利用绳索箭矢破坏水下障碍物，或通过木筏等载具创造临时射击平台。当遇到水下宝箱时，需靠近后连续按交互键触发登山镐撬开动作，此过程不涉及常规武器使用。部分古墓要求精确控制水位升降，待水面降至可站立高度时才能恢复武器功能。
武器升级系统对水下作战有间接影响。通过收集零件强化复合弓的射速和握持时间，能在涉水区域边缘实现快速狙击。但需注意，即便升满级的武器也无法突破水下禁用规则，仅在水陆交界处或极浅水域可能保留部分功能。
掌握水体物理特性是拓展战术的关键。游戏引擎会模拟水流对弹道的干扰，在允许射击的浅水区，子弹轨迹会出现明显下坠。部分场景可利用爆炸物连锁反应，通过岸上射击引爆水下油桶清除障碍。这种间接攻击方式不受水下武器限制，但需要预判爆炸冲击波范围。
