江南百景图里的坐船主要是通过码头运输物资、特殊居民或建筑，并不是让角色直接登船移动。先在目标州府解锁相应地图，再把出发地码头修复完成；点击左下角州府印，选择大地图，找到出发州府上方标有空闲的船只，点击后选择已经解锁的目的地，随后进入运输界面安排物资、居民或建筑，确认后点击出发即可。
修复码头是开船的前置条件，初次修复通常需要3名工人、200铜钱、80菜肴和180木材；杭州、徽州等部分府的修复材料会显示为竹子，施工时间为1小时。码头升到2级需要4名工人、250铜钱、90菜肴和230木材或竹子，耗时2小时，并增加1艘普通运输船；升到3级需要200补天石，拥有3艘普通船，并额外解锁1艘建筑运输船。前期只运菜肴、木材、竹子、纸张等基础资源时，1级码头已经够用；需要同时支援多个州府时，优先升到2级；只有要转移建筑，或长期进行多城调度时，才值得投入补天石升到3级。
运输物资时应先确认目的地仓库有空位，再在船只页面选择运输物资，点选需要的材料后拖动数量滑条，最后核对到达时间并出发；不同材料可以放在同一趟运输中，但不建议把稀缺材料全部运走，应给出发城市保留至少一轮生产或任务所需的库存。运输特殊居民时选择迁移居民，再勾选符合条件的特殊居民；每名居民的运输时间按30分钟计算。建筑运输则需要使用3级码头的建筑船，通常每座建筑需要1天，适合转移严大人兑换建筑、活动建筑或其他可运输的特殊建筑，不适合为了节省少量建材频繁使用。
收船时要回到目的地州府的码头岸边点击到达的船只，逐项领取物资或居民；货物没有全部接收前，船不会消失，也不会自动释放为可用船只。目的地码头尚未修复时，一般仍可接收其他州府运来的物资和特殊居民，但无法从该地正常发船，因此新开州府应先确保至少有一个已修复码头作为运输起点。运输前还要检查船只是否处于空闲状态，忙碌中的船不能重复安排，误把大地图与府内普通地图混淆，是找不到船只入口的常见原因。
不同发展阶段的最佳用法是优先补齐短板，而不是平均分配资源：新州府开荒时，从粮食和木材充足的城市向目标府运输基础材料，能减少等待生产的时间；中期拥有两艘以上船只后，可将一艘固定用于菜肴、木材等高频资源，另一艘专门运送居民或任务材料；后期多城并行建设时，再用3级码头转移指定建筑。出发前按目的地任务需求—仓库剩余空间—出发地库存—船只空闲数量的顺序检查，运输效率会明显高于临时缺什么再补什么。
