要开启光遇失落之舟的商店，核心是完成魔法季向导先祖发布的全部六个季节任务，依次收集六色光芒后，商店将自动解锁并点亮，可在船头区域用蜡烛兑换各类魔法道具。
进入失落之舟需先抵达墓土地图，进入后不跳下悬崖，向右侧飞行找到停靠的小船，靠近出现坐下图标后点击，小船会载着穿越云海抵达该地图。初始抵达时方舟呈破败形态，在船体附近找到魔法季向导先祖，点击其头顶星星标志领取第一个任务，任务目标是寻找念之灵，位置在方舟后方田地或洞口附近，直接触碰即可完成，随后返回向导处提交。
后续每个任务都需前往不同地图寻找对应颜色的光芒，第二个任务水之灵位于霞谷溜冰场冰面或水下，第三个任务风之灵需从云野入口转身飞入身后云层寻找，第四个任务地之灵在云野右侧隐藏浮岛图中等待其落下，第五个任务心之灵在禁阁一层右侧双人门隐藏图内，最后一个任务火之灵位于雨林有栈桥和大水母的地图。每完成一个任务，都要从遇境传送到对应地图触碰光芒，完成后通过遇境星盘或返回神坛再传回暮土，坐小船回到方舟向向导复命。
逐个完成所有六色光芒任务后，破败的方舟会逐渐恢复生机，原本关闭的魔法商店将被点亮，位于沉船船头被发光罐子环绕的区域，靠近后点击问号图标即可打开兑换界面。商店内提供多种魔法，包括矮人变形、漂浮、体型重塑、瞬间充能等，部分魔法每日可免费领取一次，周日会额外刷新彩虹魔法和体型重塑药水，其余魔法需消耗白蜡烛、爱心或红蜡烛兑换，每周日还会固定刷新免费的体型重塑药水。
进入商店前需确保已解锁墓土地图并完成全部魔法季任务，若无法领取免费魔法，需检查背包是否有足够空位，以及是否已完成所有前置任务。方舟地图内还藏有光之翼，可在探索时一并收集，提升探索能力。魔法商店的魔法与遇境、云巢的魔法商店同步，可根据需求选择兑换，建议提前准备足够蜡烛，以便快速获取所需魔法。
