地牢宝箱是玩家获取强力装备的关键目标之一。地牢本身是一种特殊的地下建筑，通常隐藏在地下深处，其入口多位于地下洞穴或山脉之中，需要玩家进行探索才能发现。地牢内部分布着多种宝箱，主要包括需要黄金钥匙开启的黄金宝箱，以及需要特定环境钥匙才能开启的生物群落宝箱，例如腐化宝箱、血腥宝箱、冰霜宝箱、丛林宝箱和神圣宝箱。这些宝箱在地牢中的位置是随机生成的，玩家需要深入探索地牢的各个房间和角落来寻找它们。
地牢的入口高度各不相同，但总是高于零深度。在击败骷髅王之前，玩家虽然可以进入地牢，但无法安全地完整探索。如果玩家在击败骷髅王前探索到地平面以下的深度，会生成能够一击必杀大部分玩家的地牢守卫。在击败骷髅王前，安全探索的区域仅限于入口以下一到两个屏幕的距离。击败骷髅王后，玩家才能任意进入地牢进行探索。地牢内部结构复杂，拥有许多平台，上面可能放置着书籍、药水等物品，背景墙的种类也会影响肉山后生成的敌怪类型。
地牢中的黄金宝箱需要使用黄金钥匙来开启。黄金钥匙的获取途径相对多样，玩家可以通过开启世界各地的宝箱和罐子随机获得，也可以在地牢中击败肉山前的怪物掉落，其中地牢史莱姆被确认会百分之百掉落黄金钥匙。开启黄金宝箱后，玩家可以获得地牢特有的一些武器和物品，例如妖刀村正和钴盾，这些都是前期非常有用的装备。
更具挑战性的是地牢中的生物群落宝箱，也称为环境宝箱。要开启这些宝箱，玩家必须先制作对应的环境钥匙。这一过程始于困难模式（肉山后），玩家需要在特定的生物群落中刷怪，才有极低概率获得对应的环境模具，例如在神圣之地刷怪获得神圣模具，在腐化之地获得腐化模具。玩家还需要击败世纪之花以获得神庙钥匙，并击败机械三王收集力量之魂、视野之魂和恐惧之魂各五个。集齐这些材料后，在秘银砧或山铜砧处即可合成对应的环境钥匙。制作好的钥匙只需放在背包中，在地牢里找到对应颜色的宝箱（如淡蓝色的神圣宝箱、紫色的腐化宝箱）后直接点击即可自动开启。
