酸雨是只存在于洞穴世界中的机制，当暗影裂隙存在的时候，洞穴里的普通降水就会转变为降下酸雨。酸雨和下雪一样不会产生潮湿度增加的机制，不过却有着腐蚀性的巨大负面影响。对于角色来说，会根据降水速率来扣除自身血量，植物人沃姆伍德直接淋下酸雨受到的伤害则是会翻倍。想要让角色免受酸雨伤害，通过使用黏糊糊的药膏或者蓝带鱼排，就能得到暂时抵抗的能力。角色身上如果存在防水效果的衣物或者盔甲，淋到酸雨后则是会持续掉落耐久值，普通的衣物受到的影响会更大。
如果此类装备是处于放在地上或者其他容器，以及被其他生物穿戴都是不会出现耐久下降。除了背包里物品，角色的物品栏中只要是有着新鲜值特性的东西，也是会受到酸雨的幅面影响，每秒掉落的新鲜值会更快，不过这项机制与装备一样，只要将其放在地上或者存储起来就可以免受影响。除了这些特殊的方式避免遭受酸雨带来的不利效果之外，直接装备暗影伞、打开暗影伞进入其生成的穹顶里，或者进入月亮洞窟、远古档案馆处，就能直接免疫所有的不利效果。洞穴里的生物也是逃不掉酸雨的影响，将他们引到暗影伞的穹顶之中就可以避免，否则都是会以黄色烟雾冒出的效果，提示玩家它们发生了改变。不同生物受到的影响也是不一样的，大部分洞穴生物都是会得到攻击和速度的提升，但自身受到的伤害，也是会有所增加。
除此之外有些生物在受到影响后，行为上也是有着一些改变，喷吐蜘蛛在进入战斗状态后，不再以靠近目标进行普攻攻击，而是转变为获得保持距离的远程攻击的能力。洞穴蝙蝠在外貌上眼睛变成了黄色，同时没有了主动进入睡眠的机制，攻击性也是变得更高，如果周围硝石，就为被其主动拾取并吃下去，如果玩家物品栏或者背包里存在硝石，在受到攻击后会掉落一个硝石，如果其他容器里放有硝石则是会主动进行抢夺。石虾有着变大体型增加属性的机制，但受到酸雨影响，是会变回最小的状态。
酸雨还会对建筑和植物造成影响，在洞穴中存在有苔藓的池塘，酸雨会让池塘的水增加酸化度，当酸化度超过一定数值就会在池塘生成硝石堆，这也让玩家无法通过洞穴池塘钓鱼等活动。想要使池塘复原需要先将硝石堆挖掘，之后清空酸化度。洞穴里自然生长的蘑菇树在外观上是会有所变化，如果将其砍伐掉落的物品新鲜度也是有所降低。降下酸雨的时间里，蝙蝠袭击事件会按照一定概率触发，和猎犬袭击类似，玩家能听到蝙蝠叫声与角色台词作为提示预警，每次触发袭击之后有着半天时间的冷却，以此作为循环，事件触发的概率与蝙蝠的数量都是由玩家身上的硝石数量所决定的。
