挑战因子是元气骑士中很有趣的一个玩法，通过携带不同的挑战因子进入战斗，不仅可以在警官哪里领取到各种奖励，还可以减轻后续的战斗难度。但是挑战因子却不一定都是良性的，一旦随机到一些负面的挑战因子，不仅无法给予我们通关任何辅助，甚至还会产生一定的阻碍。
双倍快乐是负面挑战因子当中玩家最不想见到的一个，在这个debuff的作用下，场内所有敌人的血量都会翻倍。对于一些本就血量突出的boss而言，无疑是一个很恐怖的强化。同样是负面挑战因子的元素异常对于我方角色的伤害也很大，只要在对局当中，角色被子弹命中，就会随机陷入中毒，灼烧，冰冻，眩晕中的任意一个负面状态，如果角色本身就处于异常状态，再受到这个挑战因子的影响，它们的效果还会叠加。
对于一些生存能力较弱的角色而言，很容易在一些普通的关卡当中就直接去世。脆皮因子可以说是大多数角色的噩梦，在获取到这个挑战因子之后，无论角色的生命值是多少，通通变为一点，而且其他增加生命值上限的天赋全部消失。一旦护盾破碎，角色基本上就死定了，但是由于角色当中还有着圣骑士这个特殊的存在，所以相对而言并不是那么无解。
双领主的压迫感相较于脆皮而言要更大一些，只要获取了这个挑战因子，所有的boss房都会随机刷新出两个boss。如果运气不佳，摇到了两个强度超然的存在，那就属实倒大霉了。细胞分裂会在怪物血量低于一般的时候进行分裂，不仅怪物的数量变成二，而且攻击频率还会翻倍，最重要的是，即便我们击杀了多出来的怪物，它们最后掉落的资源却不会变多，属实是吃力不讨好的存在。
