清巢任务属于破坏任务的变体，仅在阋神星感染飞船中刷新，目标是摧毁三处感染巢囊，每个巢囊都存在保护机制，必须先清除周边全部五枚感染肿瘤才可以对巢囊造成伤害。肿瘤会随机生成在房间地面、墙体与天花板位置，小地图会给出橙红色的标记，每击碎一枚肿瘤标记范围就会进一步收缩，以此缩小剩余肿瘤的搜寻范围。
巢囊一旦受到伤害中断五秒，就会持续恢复自身血量，因此破坏所有肿瘤后，一定要集中火力快速击破巢囊。每摧毁一个巢囊，地图内感染单位的数量都会明显提升，还会永久触发一类环境灾害，包含病毒腐蚀云雾、低重力、自动防御炮塔、冷却液泄漏等负面效果，连续处理三处巢囊之后，前往撤离点即可完成结算。地图内还散落着三处科普斯储藏舱，打开可以获取额外的任务奖励，单刷时建议尽量寻找全部储藏舱再进行撤离。
战甲优先选择有范围清杂能力的战技，毒妈可以依靠孢子扩散压制源源不断的感染体，技能配置偏向范围、持续时间与效率，犀牛可以靠铁皮提高容错，哪吒的伤害减免与异常免疫可以应对病毒云等环境debuff。武器方面优先选择火焰、毒属性的范围输出武器，例如赤毒食人女魔，搭配专属mod后，燃烧弹可以同时覆盖多个肿瘤点位。组队模式下可以分工，三人每人负责清理一个区域的肿瘤，加快任务推进速度，全部巢囊摧毁完成不要直接撤离，可以分散搜寻储藏舱，有概率拿到登录舰的蓝图。
