文明6中原始首都无法直接摧毁，只能先通过军事攻占，再选择夷为平地；若为己方原始首都，需借外交交易转售再宣战摧毁，或利用蛮族与忠诚度机制间接处理。
摧毁敌方原始首都的核心是组建适配阶段的攻城部队并执行围城战术。早期优先研发畜牧业解锁轻骑兵，利用高机动性在敌方城墙未成型时快速突袭，此时首都防御薄弱，骑兵可直接攻占。进入中世纪后，城墙防御成型，需转为攻城单位配合近战部队，攻城塔、投石车能高效削减城墙血量，近战单位负责最终占领；远程单位对城墙伤害有限，不可单独作为攻城主力。围城时必须用近战单位封锁首都所有相邻格子，切断补给线，阻止其每回合回血，大幅加快攻陷速度。
己方原始首都无法直接拆除，最稳定的合法手段是外交交易转售再宣战摧毁。先在外交界面将原始首都交易给AI文明，可附加金币、奢侈品等资源提高AI接受概率；交易完成后立即对该AI宣战，派出军队攻占这座已易主的首都，占领时选择“夷为平地”即可永久摧毁。此方法需确保军事力量充足以应对AI反击，同时注意宣战可能恶化全局外交关系。
利用蛮族与忠诚度机制可间接摧毁原始首都，适合追求低成本的玩家。针对敌方首都，可在其附近保留蛮族营地，清剿第一波敌人后不拆除营地，蛮族会持续生成部队攻击首都，持续消耗其血量与防御，待首都血量见底后派部队补刀占领并夷平。针对己方首都，可将其赠送给盟友或城邦，再通过降低周边地块忠诚度引发叛乱，使首都变为自由城市，随后攻占并摧毁；此方法成功率较低，自由城市可能被其他文明抢先占领。
后期攻城可搭配间谍与高级单位提升效率。派间谍潜入敌方首都执行“破坏防御”任务，能直接减半城墙血量，大幅降低攻城难度。工业时代后可使用轰炸机、火箭炮等现代单位，无视地形快速消耗首都血量，配合机械化步兵完成占领，大幅缩短攻城周期。需注意，原始首都被摧毁后，原文明若有其他城市会自动迁都，彻底消灭该文明需攻占其所有城市。
