游戏中的肥料有三个种类，每个种类又都有着三个品质。“肥料”是能提高土壤品质，让作物有着更大几率得到高品质，其中品质最高的顶级化肥需要解锁齐先生核桃房才能购买配方，在效果上可以让作物得到铱星品质，这也是唯一得到铱星作物的必要条件。“保湿土壤”属于辅助性肥料，在效果上可以让原本湿润的土壤，在次日有概率依然保持湿润，对于顶级保湿土壤则是可以必定让土壤保持湿润状态。
顶级保湿土壤的配方则是需要解锁姜岛商人，用50的火山晶石可以兑换。最后一种肥料为“生长激素”，在效果上是可以加快作物的生长，顶级生长激素效果最佳，可以加快33%，配方解锁也是需要在核桃房中购买。需要注意的是，三种肥料的使用时间是有所不同，提升作物品质的肥料必须要在种子发芽前施肥，对于已经发芽的种子，肥料就无法添加，另外两种肥料则没有额外限制，对于已经发芽的作物，也可以正常施肥。
在使用上玩家首先要了解肥料是会因为换季的影响丢失，即使用作物保土也不能防止肥料的流失。如果想让肥料留到下个季节使用，只有在施肥土壤上种植跨季节的作物，才会保留肥料，除此之外放在温室、姜岛的肥料，也都不会因为季节的交替而流失，只要玩家不用锄头主动移除肥料，就会永久保留。
