抵抗飞机攻击需结合防空单位、制空权争夺和防御建筑等，直接防空单位包括防空车、战斗机和巡洋舰等，防空车作为支援单位，部署后覆盖周围范围，对敌方飞机进行拦截，拦截效率高，尤其是针对轰炸机投放的核弹，但需注意防空车需提前部署在可能被攻击的区域附近。战斗机属于空中基础拦截，通过空中巡逻拦住敌方飞机，过程中可能存在概率失败的风险。
若敌方轰炸机被战斗机击落，则无法投放核弹，若未击落，战斗机仍可能拦。但有一定限制，核潜艇或导弹发射，当中发射的核弹无法被战斗机拦截。巡洋舰自带防空作用，适合保护沿海城市或舰队，尤其在与敌方海军交战时提供防空支援。末日机甲作为全能属性，属于后期强力单位，自带防空作用，具备海陆空三栖能力，多种威胁都能应对。
此外还有间接防御方法，通过间谍或军队，直接摧毁敌方机场或航空母舰，有效限制敌方飞机部署，比如使用轰炸机或远程单位攻击敌方机场。核弹可直接摧毁敌方空军，但需谨慎使用防止受到外交惩罚，最好通过外交施压或联盟限制敌方发动空袭。直接提升我方科技水平，解锁高级防空单位，包括防空导弹车，同时利用城邦提供加成加快防空单位研发。一些特殊文明可走捷径，巴比伦等文明通过尤里卡快速跳科技，也能提前部署防空力量。
