融合系统是该游戏策略深度的核心机制之一，通过合理搭配不同植物特性可显著提升关卡通过效率。植物融合并非简单叠加，需遵循特定组合规则，例如机枪射手与火炬树桩结合可实现双重攻击效果，而寒冰菇与火龙草的组合则能同时控制战场节奏并增强范围伤害。融合后的植物会继承母体部分特性，但部分功能性植物如向日葵与攻击型植物融合后，可能降低阳光生产效率。实验证明，优先选择同类型植物进行融合成功率更高，例如投手类植物相互融合的稳定性优于跨类别组合。
融合操作需在特定界面完成，拖拽植物至目标位置即可触发融合动画。高阶玩家建议在后期关卡使用该机制，因部分低阶植物融合后可能出现属性衰减。例如三线射手与双向豌豆融合后，虽扩大攻击范围但单发伤害降低，需配合瓷砖萝卜强化输出效率。游戏内设有融合手册作为但未收录全部隐藏组合，部分特殊融合需通过反复尝试解锁。医疗型植物与防御型植物融合时，治疗效果往往会被防御属性稀释，需谨慎选择搭配方案。
时空铁桶与医药箱等道具的合理运用能大幅提升融合植物存活率。时空铁桶可为后排融合植物提供20%防御加成，而医药箱每3秒恢复生命值的特性，特别适合坚果墙与高伤害植物的融合体。但需注意一次性植物无法享受这些增益，建议将道具资源集中在持续作战型融合植物上。在功夫世界或黑暗无尽模式中，此类搭配可形成稳定防线，尤其对抗巨人僵尸时效果显著。
转基因实验室是获取融合素材的重要途径，通过消耗冗余植物碎片可定向合成目标植物。机枪射手与天使星星果的合成概率较高，而玉米加农炮等稀有植物合成率不足5%。建议保留基础植物碎片作为合成材料，高阶碎片则用于直接强化。每日完成探险任务可获得稳定碎片来源，潘妮小店定期刷新的限定碎片也值得关注。
