水系精灵分布广泛，主要依赖水域环境与特定剧情获取。常见的水系精灵如蚊香蝌蚪、角金鱼及鲤鱼王广泛栖息于普通河道与海域，在常磐森林或者华蓝市附近的草地、水域逛逛就能遇到，通常需要准备钓竿在水边垂钓。玛瑙水母和大钳蟹这类则属于海里的常客，在21号道路、1号岛到5号岛周边海域都能撞见。对于想快速组建队伍的玩家，杰尼龟作为御三家之一，开局就能从大木博士处直接领取，如果错过了，在真新镇上方的草地也有机会遇到，只是概率偏低。像墨海马、小海狮等精灵也有其固定的活跃区域，例如双子岛就是小海狮的核心刷新点。
部分稀有或特殊的水系精灵需要通过完成剧情或使用进化道具获得。在金黄市的希鲁夫公司完成特定剧情后，可以免费获得一只强大的乘龙。而在彩虹市的大厦楼顶可以找到伊布，对其使用水之石即可进化成特防优秀的水精灵。对于喜欢古代精灵的玩家，可以在奥西米山挖掘到菊石兽或化石盔的化石，之后前往红莲岛的复活中心便能将它们复活。叶绿版本中独占的呆呆兽与海星星，在火红版中需要通过特定机制参照获取，呆呆兽分布于特定河岸，海星星则需在专属水域垂钓。
钓竿是捕捉水系精灵的核心工具，不同等级的钓竿对应不同的精灵。游戏初期在枯叶市左边小屋找钓鱼大叔能领取到初级钓竿，用它可以轻易在任何水域钓到鲤鱼王。虽然鲤鱼王初期能力很弱，但进化成暴鲤龙后实力会发生质变。游戏进程推进，可以获得中级竿和高级竿，它们能让你在更深的水域钓到墨海马、角金鱼、蚊香蝌蚪乃至直接钓上暴鲤龙等更为稀有的精灵，大大提升了捕捉效率。
一些特定的地点集中了多样化的水系精灵种群，是捕捉的重点区域。双子岛不仅是小海狮的栖息地，也活跃着墨海马等精灵，同时这里还是急冻鸟的巢穴所在。21号道路以及1号、4号、5号岛屿的沿岸浅滩，则是大舌贝的分布区。在规划捕捉路线时，注意海洋与淡水区域精灵种类的差异，例如角金鱼仅淡水产出，而玛瑙水母多在盐水域。对于追求顶级战力的玩家，游戏后期还可以挑战水系神兽。超能加水系的传说宝可梦洛奇亚，需要在通关后前往第八座彩虹岛右下角的海域才有机会遭遇，其等级高达70级，捕获挑战极大。
