药铺的升级基础在于达到相应的解锁等级与准备必要的建造资源，核心操作是在营造菜单中完成的。药铺作为游戏中的一种生产建筑，其解锁具有明确的等级门槛。玩家需要先通过提升知府等级来解锁药铺的建造权限，之后才能在城镇的营造功能中找到并选择建造。建造和后续的每一次升级都需要消耗特定数量的铜钱、菜肴以及相应的原材料，例如升级过程会持续消耗草药等物资。完成建造后，玩家可以通过点击已建成的药铺，选择升级选项来查看下一等级所需的具体资源，并指派拥有相关加成的特殊居民来加速升级过程。
药铺的升级是一个阶梯式的过程，其核心价值在于提升单位时间的生产效率与最终收益。每一次升级都会明确提升药铺的产出能力，这通常表现为单次生产周期内可以获得更多的产品。等级提高，药铺的运作有时会需要更多的居民参与其中，但高级别药铺在长时间的产出项目中，其人均收益效率往往更为优越。将药铺升至满级并选择六十分钟的生产周期，可以获得接近理论峰值的单人每小时铜钱收益。有计划地将药铺升级至高等级，是优化该建筑经济回报的关键。
药铺升级的一个重要战略意义，在于满足杭州府特色商栈系统的升级条件，这是高级玩法中的关键一环。在杭州府，玩家可以沿着大运河建造商栈，而其中一种便民商栈的激活与升级，直接依赖于其祝福范围内特定建筑的等级与数量。根据规则，要令一个普通商栈自动升级为便民商栈，必须在其影响区域内建造并升级至少两个药铺、两个成衣店和两个油店，且这六座建筑都需要达到四级或以上。这意味着药铺的等级成为解锁高阶商业体系的门票，其升级不再是孤立行为，而是区域经济规划中的必要组成部分。
在杭州府进行深度布局时，将药铺升至五级并围绕高阶便民商栈进行集中规划，可以实现铜钱收益的大幅增长。一些布局方案致力于在有限的地形内，于商栈的加成范围内最大化地摆放高等级药铺。在大运河沿岸合适的凹岸拐角处建造商栈，可以使其祝福范围覆盖更多的陆地格子，从而容纳多达数十个药铺。这些药铺在商栈提供的产量翻倍祝福下，其产出效率将极为可观，使得该区域成为后期稳定的铜钱来源。药铺的等级至关重要，因为高等级的药铺基础产量更高，享受祝福后的加成效能也更强。
