获得天赋点的核心方法是首次三星通关普通剧情副本，每次成功达成三星评价就能拿到1点天赋点。玩家需要进入普通剧情模式，在挑战关卡时，必须同时满足关卡列出的全部三个条件才能算作三星通关，从而获得这1点天赋奖励，这些条件通常包括限时通关、无伤通关或是连击数达标等，需要挑战前仔细查看。天赋点只能通过首次三星通关获取，重复刷已经通关的同一关卡不会额外获得天赋点，因此在第一次挑战新关卡时，就要尽量调整阵容和策略，争取一次达成三星，避免后续为了补星而浪费体力。
获得的天赋点用于点亮天赋系统，这是一个蛇形的分支结构，分为多个阶段，例如一阶、二阶等。每点亮一个天赋节点，都能为玩家拥有的所有忍者带来永久的属性加成，例如增加攻击力、生命值或防御力，这些加成虽然单次数值不大，但累积起来的效果非常显著，能整体提升战力。正因为天赋加成是全忍者通用的，所以无论玩家使用哪个忍者出战，这些增强的属性都会生效，性价比很高。
在主界面左下角可以找到天赋按钮，点击进入后，只要拥有足够的天赋点就可以进行加点操作。在前期资源规划上，优先将天赋树点满是快速提升实力的有效途径，这能让推图、挑战精英副本或参与决斗场都变得更加轻松，如果感觉在精英副本中卡关，回头检查并补满天赋点往往是一个直接的解决思路。
