奇迹的代价主要任务线完成后，后续流程的核心在于完成对暗影圣剑的追踪与收服，并在过程中逐步探索其失控的真相。完成任务的关键在于熟练掌握指挥官与战甲的切换，尤其是虚空模式的灵活运用。后续任务将继续在地球、月球以及谷神星等区域展开，敌人将主要围绕被灵煞能量感染的尸鬼单位，其死亡后的毒气区域构成持续的威胁。在攻略这一阶段时，务必提前调整好战甲配置与指挥官专精学派，确保有足够的生存能力与能量效率来应对高强度的连续作战。
任务的触发与前期步骤要求玩家在飞船的个人房间内与莲花遗留的头盔互动，从而开启奇迹的代价完整任务线。后续行动通常从调查地球丽思节点的灵煞能量开始，在那里会遇到藤蔓覆盖的大门，破坏藤蔓后会开启一段充能倒计时，在此期间需要抵御敌人攻势。充能过程对玩家站位没有强制要求，生存是第一要务。进入内部空间后，常需要使用结合扫描器寻找与环境中的特定痕迹或物品进行互动，这些目标通常会以高亮或黄色标记指示。随后的阶段会引导玩家前往月球巴甫洛夫节点，此处涉及利用维特鲁威仪装置解读环境中的奥罗金符号，通过匹配控制台提示来获取关键的蓝图信息。
在利用获取的蓝图制作出暗影圣剑部件并完成建造后，真正的追踪才正式开始。暗影圣剑是具备自主意识的战甲，玩家无法直接操控，必须遵循其留下的线索。在谷神星诺沃节点，任务目标是找到并协助暗影圣剑对抗灵煞敌人，此阶段需要特别留意并击杀五名伪装成场景内资源箱的女妖使，它们会混在普通物件中。紧接着，核心的交战环节往往会转移到海王星或最终的地球丽思等场景。与暗影圣剑的对决需要先使用指挥官的虚空冲击能力来破除其护盾，成功后立即使用移魂技能侵入其记忆场景。在记忆场景中，玩家需观察并解读书写体、画像或乐器等特定高亮物品来触发剧情推进。
最终阶段的任务通常在月球第谷或地球丽思的特定环境中进行，玩家需与暗影圣剑进行战斗以完成收服。战斗中，暗影圣剑的攻击模式固定且伤害较高，但缺乏对高处目标的攻击手段，因此合理利用场景中的地形和高台进行规避是有效的战术。战斗中依然需要穿插使用指挥官的虚空技能来应对其护盾。成功完成所有挑战后，玩家将作为奖励直接获得一个满级的暗影圣甲，以及其破损头盔装饰和专属站姿。流程中需要注意，携带腐蚀属性的武器能有效应对尸鬼单位，频繁使用扫描器时建议装备合成扫描器以避免消耗品不足，并且整个任务过程中可能会遇到进度异常，重新登录游戏常能解决此类问题。
