你遇到的小船主要分为两种：一种是用于多人合作的交通工具，通常出现在特定地图如云野或方舟；另一种则是可以放置的传信纸船，用于社交留言。对于第一种作为交通工具的船，其移动很大程度上是系统预设或环境驱动的，比如在云野的浮岛区域，小船会沿着固定航线或借助地图中的上升气流自动前进，玩家能做的控制比较有限，主要是调整视角和等待它抵达目的地。这种船的控制更倾向于一种被动的乘坐体验，你需要的是耐心观察环境，利用风道或气流来辅助移动。
而针对可以主动操作的传信纸船，其控制核心在于放置而非航行。你要先通过方舟的魔法工坊，用白蜡烛兑换到传信纸船这个魔法道具。兑换成功后，在游戏的任何有水区域（比如云野的水池、雨林的小溪、霞谷的湖边），打开魔法列表，点击纸船图标，就会出现一个交互界面。这时你可以拖动纸船模型，将它精准地放置在水面上。放置成功后，就可以输入留言了，小船会停留在你放的位置持续48小时。一定要放在水面上，陆地或特殊的试炼关卡里是放不了的。
放置纸船也有一些需要留意的小技巧。选择水域时，尽量挑云野、霞谷这些开阔明亮的地方，避免被地形或植物遮挡，这样别的玩家才更容易看到你的留言。如果你想快速找到自己放的小船，只需要回到当初放置的准确位置就行，它的位置是固定不变的。在像暮土黑水港湾这样的特殊水域，水的颜色很深且有腐蚀性，直接放置可能失败。这时你需要先让角色完全进入黑水中，再打开魔法列表尝试放置，操作感觉会和普通水域有点不一样。
对于作为交通工具的船，虽然不能直接像飞行那样自由操控方向，但你可以通过一些间接方式影响进程。乘坐时注意观察周围的云层、鸟群或发光生物，它们常常是能量补给点或隐藏路线的标记。在某些地图，激活特定机关（如云野的三塔）后，会出现遥鲲等生物，跟随它们就能轻松抵达高处，这算是一种对行进路线的软控制。更重要的是管理好你自己的飞行能量，确保在需要离开船只自行探索时，有足够的能量可以飞行。
