神界原罪2共有六个主要结局，包括平分神权（特殊）、延续永恒（特殊）、放弃神性、一统神界、众生平等和禁用源力。这些结局的触发条件与玩家在游戏中的关键选择密切相关，尤其是最终章节面对卢锡安、达利斯和神王时的决策。结局的多样性不仅影响主角的命运，还会改变整个绿维珑世界的格局，例如源力的分配、虚空的威胁以及种族间的权力平衡。
放弃源力修复障壁的结局被部分玩家视为最理想的选择，因为该结局下世界恢复和平，虚空威胁消失，但存在逻辑矛盾——理论上主角会失去灵魂成为默僧，而结局动画却显示其以凡人身份回归。平分源力的结局看似公平，却隐含隐患：各族获得力量后再度陷入内斗，阿兹沦为考古废墟，精灵与蜥蜴人的矛盾激化。若选择成为神圣化身，主角将继承卢锡安的力量，但世界仍受虚空侵扰，平民伤亡惨重，旁白甚至质疑主角的统治正当性。
平分神权要求队伍中不能有洛许，且需在浮木城完成医生嘱托支线，最终与医生达成交易。延续永恒仅限费恩作为主角，需在无名岛投靠黑环并击杀队友以取悦神王。禁用源力结局中，马拉迪会尝试拯救主角，使其成为唯一存活的源力者，而温蒂格的命运取决于玩家是否在支线中交出破誓者。这些特殊结局的叙事深度远超常规路线，但可能牺牲队友或背离角色初衷。
结局差异源于玩家对源力本质的理解。卢锡安主张净化源力以隔绝虚空，达利斯追求力量垄断，而神王代表永恒族的旧秩序。结局动画的细节也值得关注：成为神圣化身时，伊凡和塔奎因会表达不满；平分源力后，队友大多批评主角的决策；禁用源力则突出马拉迪的牺牲。部分支线任务如怜悯就是力量或薄情寡义会间接影响结局的最终呈现。
