清籁丸沉船解密需从船头罗盘机关起步，依次完成罗盘调整、地板配对、继电石电路连接，全程跟随仙灵推进即可解锁全部奖励。首先抵达清籁岛左上角的清籁丸甲板，找到四个呈直角分布的罗盘，每个罗盘带有两根长指针，按线索“剑戟相指，财帛所在”将指针两两相对，拼成完整长方形，触发木板断裂，露出船舱入口。此时先到船尾拾取雷种子，可破除后续若雷结界，还能借助雷种子飞到船头桅杆处获取第一个雷神瞳，为深入船舱做好准备。
进入船舱后，沿仙灵指引前行，途中会遇到首个翻牌地板解密，地面有六块带符号木板，遵循“同印共启，照见何物”的规则，按连连看方式点亮两组相同图案，解锁后打开通道，还能拿到含锈蚀钥匙的普通宝箱。继续跟随仙灵，会进入一间带四个罗盘的房间，解密逻辑与甲板一致，调整指针形成长方形，解锁珍贵宝箱，同时在船舱左侧找到第二个雷神瞳。完成后从通道下到沉船第二层，这里有八块地板的二次翻牌解密，按顺序点亮配对图案，成功后出现隐藏洞穴，跳落即可抵达核心解密区域。
核心区域需完成继电石电路解密，先开启元素视野定位三块继电石，两块藏在若雷结界内，需携带雷种子进入拾取，第三块埋在石堆中，打破石堆即可获取。将继电石依次摆放在放电石与聚电石之间的对应位置，再用雷元素角色激活电路，成功连通后船底铁门自动开启。门内藏有华丽宝箱与第三个雷神瞳，最后把仙灵引导至指定位置归位，即可解锁“戴维·琼斯的箱子”成就，清籁丸沉船全部解密流程至此完成。
