二战风云水运部队核心是先建港口与运输船，搭配护航编队、规划安全航线、保障燃油补给，最后快速登陆控点，实现大批量部队跨海投送。
水运部队的基础是港口与运输舰船的搭建，优先升级港口等级，等级越高可承载的部队总量与舰船数量越多，解锁大型运输船后才能批量运输坦克、重炮等重型单位。运输船仅负责兵力投送，无战斗能力，建造时优先分配资源给运输船，再补充驱逐舰、巡洋舰等护航舰艇，确保编队具备反潜、防空与对海作战能力。装船时注意载重限制，步兵占用空间最少，坦克与装甲车占用空间大，需按作战优先级搭配装载，优先投放核心作战单位。
航线规划与护航配置是水运安全的关键，出发前派遣侦察机侦察目标海域，标记敌方潜艇、舰队与岸防炮位置，避开敌方活跃区域与伏击点，选择隐蔽且距离适中的航线。运输船队必须搭配护航编队，常规配置为2-3艘驱逐舰加1艘巡洋舰，驱逐舰负责反潜与近程防空，巡洋舰应对敌方水面舰艇与远程空袭，资源充足时可编入航母提供空中掩护，进一步降低拦截风险。长途运输建议分批次编队，避免单次集结所有兵力，减少被全歼的损失风险，同时保持编队间距，防止敌方范围攻击同时命中多艘舰船。
燃油补给与途中管控是长途水运的保障，舰船航行持续消耗燃油，出发前在起始港口储备足量燃油，根据航线距离计算消耗，预留15%以上冗余，避免中途燃油耗尽导致舰队停滞。可在航线中途的友方港口提前囤积燃油，作为中转补给点，也可通过空投补给应急，但空投仅适合临时补充，长期依赖会消耗大量资源。运输途中保持通讯侦察，实时监控周边敌情，若遭遇敌方拦截，优先让护航舰艇迎击，运输船迂回撤退，待威胁清除后再继续航行。
登陆卸载与后续衔接决定水运作战成效，舰队抵达目标海域后，优先侦察目标港口或海岸防御情况，若目标被敌方占领，先以护航舰艇火力压制岸防炮与防御工事，清除登陆障碍后再组织卸载。卸载时优先投放步兵与轻型装甲单位，快速建立滩头阵地，搭建临时防御工事，后续卸载重型坦克与重炮，巩固登陆区域控制权。部队登陆后及时补充食物与弹药，避免因补给不足导致战力下降，同时快速向周边战略点推进，扩大登陆战果，实现水运部队的战略价值。
